La Aljafería se construyó en el siglo XI, reinando en la Taifa de Zaragoza Abu Yafar Ahmad ibn Sulayman (Al-Muqtadir), aunque la parte más antigua data de finales del IX, una torre de vigilancia de planta cuadrangular que quedo integrada en el palacio.
El nombre por el que conocemos este palacio proviene de la derivación de al Qasr al-Ja’fariyya (Palacio de Abu Yafar), pero su nombre original era Qasr al-surûr (Palacio de la Alegría).
Del palacio islámico se conservan el patio (posteriormente renombrado como de Santa Isabel), una pequeña mezquita y el el Salón Dorado en los que podemos ver los lujosos detalles de los artesonados, la decoración con yeserías de atauriques y los arcos mixtilíneos entrecruzados.
En 1118, tras la reconquista de Zaragoza por Alfonso I El Batallador, pasó a ser residencia de los monarcas cristianos, que realizaron algunas reformas, destacando las realizadas por Pedro IV El Ceremonioso en 1336, al construir en el recinto un palacio mudéjar y la iglesia de San Martín (estilo gótico-mudéjar).
En 1486 algunas dependencias del palacio pasaron a ser sede de La Inquisición Española
Desde 1488 hasta 1493 los Reyes Católicos construyeron su palacio creando una segunda planta sobre la del palacio musulmán. De esta nueva parte destacan la escalinata, una galería, la portada de la entrada principal y una serie de estancias (los “Pasos Perdidos”), que finalizan en el Salón del Trono, que cuenta con un artesonado ricamente decorado con casetones y formas octogonales.
Entre 1592 y 1593 Felipe II se plantea la necesidad de fortificar el recinto de la Aljafería para evitar así en un futuro posibles levantamientos como la revuelta conocida como las Alteraciones de Zaragoza de 1591, que tuvieron como consecuencia la ejecución del Justicia de Aragón, Juan de Lanuza. Se rodeó el conjunto por una barrera en talud con baluartes pentagonales en los ángulos y un amplio foso.
A partir del reinado de Fernando VI (siglo XVIII), el palacio se usa como cuartel permanente de tropas.
El 4 de junio de 1931 el Palacio de la Aljafería fue declarado Monumento Nacional de Interés Histórico-Artístico.
En 1983 se decide la instalación de las Cortes de Aragón en el Palacio de la Aljafería.
El 14 de diciembre de 2001 el Palacio de la Aljafería fue declarado Patrimonio Mundial por la UNESCO al ser considerado uno de los principales ejemplos del arte mudéjar aragonés.
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